Ο αριθμός των αμινοξέων σ’ ένα πεπτίδιο υποδηλώνεται με αριθμητικό πρόθεμα (Διπεπτίδιο= 2 αμινοξέα, εξαπεπτίδιο με 6 ή πολυπεπτίδιο περισσότερα των 50). Η ένωση δύο αμινοξέων πραγματοποιείται με αντίδραση συμπύκνωσης μεταξύ των καρβοξυλομάδας του ενός και της αμινομάδας του αλλού.

Αλυσίδα πολυπεπτιδίων ονομάζεται οποιαδήποτε αλληλουχία αμινοξέων που ενώνονται με πεπτιδικούς δεσμούς προκειμένου να σχηματίσουν πρωτεΐνες.